1.合并企業(yè)應按公允價值確定接受被合并企業(yè)各項資產(chǎn)和負債的計稅基礎。
2.被合并企業(yè)及其股東都應按清算進行所得稅處理。
3.被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結轉(zhuǎn)彌補。
B研究院若實施一般性合并，A公司資產(chǎn)、負債賬面價值幾乎等同于公允價值，無評估增值可能，A公司資產(chǎn)近5年未彌補虧損500萬元不能在B研究院未來所得中得到彌補。合并后A公司其他應付款下B研究院的往來借款，與B研究院其他應收款下A公司的借款對沖，B研究院滾存未分配利潤合并后減少1650萬元。該方案下，B研究院因一般性合并，投資A公司的虧損未獲得稅收彌補。
B方案：特殊性合并
財稅〔2009〕59號文件第六條第四項規(guī)定，企業(yè)合并企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并，可以選擇按以下規(guī)定處理：
1.合并企業(yè)接受被合并企業(yè)資產(chǎn)和負債的計稅基礎，以被合并企業(yè)的原有計稅基礎確定。
2.被合并企業(yè)合并前的相關所得稅事項由合并企業(yè)承繼。
3.可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務發(fā)生當年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。
4.被合并企業(yè)股東取得合并企業(yè)股權的計稅基礎，以其原持有的被合并企業(yè)股權的計稅基礎確定。
A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務處理條件。B研究院若實施特殊性吸收合并，A公司資產(chǎn)、負債賬面價值以原有的計稅基礎并入B研究院。因A公司凈資產(chǎn)為負，可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務發(fā)生當年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率，B研究院可彌補的A公司虧損額為0.A公司近5年虧損額500萬元無法得到彌補。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補。
C方案：直接注銷
A公司通過程序?qū)嵤┵Y產(chǎn)、債權、債務清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產(chǎn)生投資損失。
《財政部、國家稅務總局關于清算業(yè)務企業(yè)所得稅若干問題通知》（財稅〔2009〕60號）規(guī)定，企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產(chǎn)的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。
A公司資不抵債，按照國家稅務總局清算所得申報表計算思路，A公司欠母公司B研究院往來款1300萬元，因A公司無力償還，轉(zhuǎn)作債務清償收益。經(jīng)初步計算，清算所得為1150萬元，彌補前5年虧損500萬元后，還有清算所得650萬元，需繳納稅款160萬元左右。而A公司賬面存款只有1萬元，根本無力繳納稅款。長年虧損，資不抵債，無力清償?shù)狡趥鶆斩P門的企業(yè)，竟然需要繳納清算企業(yè)所得稅，顯然有悖常理。在實踐中，資不抵債情況下清償收益如何計算，給執(zhí)行清算的稅務人員帶來很大困擾，需要國家稅局總局作出進一步明確。對此，天津市地稅局、國稅局《企業(yè)清算環(huán)節(jié)所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計算限額，幫助企業(yè)走出了因無力償債而關門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規(guī)定，企業(yè)清算期間確定的不需支付的應付款項，需并入清算所得征稅。企業(yè)清算期間應支付但由于清算資產(chǎn)不足以償還的未付款項，無需并入清算所得征稅。根據(jù)該辦法規(guī)定計算，A公司清算所得為-150萬元。
《企業(yè)會計準則第2號——長期股權投資》第十一條規(guī)定，投資企業(yè)確認被投資單位發(fā)生的凈虧損，應當以長期股權投資的賬面價值以及其他實質(zhì)上構成對被投資單位凈投資的長期權益減記至零為限，投資企業(yè)負有承擔額外損失義務的除外。B研究院對A公司長期股權投資為500萬元，雖然A公司凈資產(chǎn)為負，未分配利潤為-1650萬元，遠大于實收資本，但可確認長期股權投資損失只有500萬元。報經(jīng)稅務機關審核后，在B研究院收益中稅前扣除。
B研究院借給A公司的往來款1300萬元，因A公司注銷時無力償還，B研究院確認為壞賬。《國家稅務總局關于企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國家稅務總局公告2011年第25號）第四十六條第五項規(guī)定，企業(yè)發(fā)生非經(jīng)營活動的債權，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來款1300萬元，屬于非經(jīng)活動的借款，稅前無法扣除。
因A公司與B研究院為母子公司，歷年來，B研究院為A公司付出500萬元投資成本和1300萬元往來款現(xiàn)金流，會計上共形成1800萬元損失。C方案相比前兩個方案，稅收上也只能就500萬元投資損失進行彌補。
D方案：先增資后注銷
母公司B研究院通過正常程序，對A公司增資1300萬元，這時，A公司實收資本從500萬元變成1800萬元，凈資產(chǎn)從負到正，同時B研究院對A公司長期股權投資賬面價值也從500萬元增加到1800萬元。A公司因1300萬元增資，償還欠母公司B研究院的1300萬元往來款，這時母子公司無往來借款。然后，關閉注銷A公司。清算債權債務后，虧損150萬元，加上原有公司的經(jīng)營虧損1650萬元，這時A公司資產(chǎn)負債表未分配利潤數(shù)為-1800萬元，實收資本1800萬元，凈資產(chǎn)為0.母公司B研究院可確認長期股權投資損失1800萬元，無與A公司壞賬損失，報經(jīng)稅務機關審核后，可以稅前扣除。
方案比較
A公司因長期經(jīng)營不善，造成了巨額虧損，給母公司B研究院帶來投資損失及壞賬損失共計1800萬元， 母公司B研究院從稅收角度出發(fā)，希望能最大限度得到稅收彌補，減少未來母公司的稅收支出。A、B兩方案下，B研究院未獲得任何稅收彌補；C方案下，B研究院只能彌補投資損失500萬元；而D方案下，B研究院全部損失得到彌補，顯然最有利。
