根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于資源綜合利用及其他產(chǎn)品增值稅政策的通知》（財稅[2008]156號），從事BOT項目運營的企業(yè)，可以享受如下增值稅稅收優(yōu)惠：一是銷售再生水收入實行免征增值稅；二是對污水處理勞務免征增值稅；三是以垃圾為燃料生產(chǎn)的電力或者熱力實行增值稅即征即退的政策；四是利用風力生產(chǎn)的電力增值稅實行即征即退50%的政策；五是對銷售自產(chǎn)的綜合利用生物柴油實行增值稅先征后退的政策。
《財政部、國家稅務總局關于調整完善資源綜合利用產(chǎn)品及勞務增值稅政策的通知》（財稅[2011]115號）對農(nóng)林剩余物資源綜合利用產(chǎn)品增值稅政策進行調整完善，并增加部分資源綜合利用產(chǎn)品及勞務適用增值稅優(yōu)惠政策。其中，與BOT項目運營有關的稅收優(yōu)惠是：1.對垃圾處理、污泥處理處置勞務免征增值稅。2.對銷售下列自產(chǎn)貨物實行增值稅即征即退100%的政策：（1）利用工業(yè)生產(chǎn)過程中產(chǎn)生的余熱、余壓生產(chǎn)的電力或熱力。（2）以餐廚垃圾、畜禽糞便、稻殼、花生殼、玉米芯、油茶殼、棉籽殼、三剩物、次小薪材、含油污水、有機廢水、污水處理后產(chǎn)生的污泥、油田采油過程中產(chǎn)生的油污泥（浮渣），包括利用上述資源發(fā)酵產(chǎn)生的沼氣為原料生產(chǎn)的電力、熱力、燃料。上述政策自2011年8月1日起執(zhí)行。
營業(yè)稅
《財政部、國家稅務總局關于公路經(jīng)營企業(yè)車輛通行費收入營業(yè)稅政策的通知》（財稅[2005]77號）規(guī)定，自2005年6月1日起，對公路經(jīng)營企業(yè)收取的高速公路車輛通行費收入統(tǒng)一減按3%的稅率征收營業(yè)稅。
企業(yè)所得稅
《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第二十七條明確，企業(yè)從事國家重點扶持的公共基礎設施項目投資經(jīng)營的所得，從事符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得，可以免征、減征企業(yè)所得稅。
企業(yè)所得稅法實施條例進一步明確，稅法所稱國家重點扶持的公共基礎設施項目，是指《公共基礎設施項目企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目。企業(yè)從事前款規(guī)定的國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經(jīng)營的所得，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業(yè)所得稅，第四年至第六年減半征收企業(yè)所得稅。
同時明確，稅法所稱符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目，包括公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發(fā)利用、節(jié)能減排技術改造、海水淡化等。企業(yè)從事稅法規(guī)定的符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免征企業(yè)所得稅，第四年至第六年減半征收企業(yè)所得稅。
我國各地現(xiàn)在運作的BOT項目主要集中在城市污水處理、供水、修建垃圾焚燒廠、水電站和高速公路建設等領域。由于我國采用BOT方式的時間短，實施的項目較少，國家有關部門也沒有制定統(tǒng)一的操作規(guī)范，加上沒有頒布針對BOT方式的法律、法規(guī)，因此各地的運作主要是參照國外一些成功的做法和相關的法律法規(guī)。
案例
某市水建公司采用BOT模式參與公共基礎設施建設，投資興建污水處理廠。2009年1月開始建設，2010年底完工，2011年1月開始運行生產(chǎn)。該廠總規(guī)模為處理污水500萬噸/月，生產(chǎn)中水400萬噸/月。污水處理廠建設總投資6000萬元，工程由市水建公司投資、建設和經(jīng)營，特許經(jīng)營期為20年。經(jīng)營期間，市政府按處理每噸污水付給1元運營費，特許經(jīng)營期滿后，該污水處理廠將無償移交給政府。
2009年建造期，市水建公司實際發(fā)生合同費用3600萬元，預計完成該項目還將發(fā)生成本2400萬元。2010年實際發(fā)生合同費用2400萬元。
2011年初污水處理廠投產(chǎn)，當年10月處理污水500萬噸，發(fā)生污水處理費用及生產(chǎn)中水費用1.68元/噸（不包括特許權攤銷費用）。實際銷售中水400萬噸，每噸1.9元。同時取得污泥處理處置勞務收入50萬元，其他應稅項目收入90萬元，款項均從銀行入賬。當月增值稅進項稅額100萬元已經(jīng)認證并準予抵扣。
合同完工進度按照累計實際發(fā)生的合同成本占合同預計總成本的比例確定，建設期間按實際發(fā)生的合同費用確認合同收入，增值稅能夠明確劃分征免稅項目收入成本。計算營業(yè)稅、增值稅、企業(yè)所得稅等。
1.計算2009年、2010年營業(yè)稅（單位：萬元，下同）
（1）2009年
借：工程施工——合同成本 3600
貸：原材料等 3600
借：主營業(yè)務成本 3600
貸：主營業(yè)務收入 3600
借：營業(yè)稅金及附加 118.80
貸：應交稅費——應交營業(yè)稅 108
應交稅費——應交城市維護建設稅 7.56
應交稅費——應交教育費附加 3.24。
?。?）2010年
確認合同收入＝6000－3600＝2400（萬元）。
確認合同費用＝6000－3600＝2400（萬元）。
確認合同毛利＝0。
借：工程施工——合同成本 2400
貸：原材料等 2400
借：主營業(yè)務成本 2400
貸：主營業(yè)收入 2400
借：營業(yè)稅金及附加 79.20
貸：應交稅費——應交營業(yè)稅 72
應交稅費——應交城市維護建設稅 5.04
應交稅費——應交教育費附加 2.16
借：無形資產(chǎn) 6000
貸：工程結算 6000
借：工程結算 6000
貸：工程施工——合同成本 6000。
2.計算2011年10月增值稅
應稅項目銷項稅額＝90×17%＝15.30（萬元）。
借：銀行存款 915.3
貸：主營業(yè)務收入 900
應交稅費——應交增值稅（銷項稅額） 15.3。
結轉免稅項目應分攤的進項稅額＝100×（400×1.9＋50）÷（400×1.9＋50＋90）＝90（萬元）。會計分錄：
借：主營業(yè)務成本（應分攤的進項稅額） 90
貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出） 90。
當期應納稅額＝15.3－（100－90）＝5.3（萬元）。
借：應交稅費——應交增值稅（轉出未交增值稅） 5.30
貸：應交稅費——未交增值稅 5.30。
3.企業(yè)所得稅
當月實現(xiàn)利潤由銷售中水利潤、減免稅補貼收入、分擔投資成本后計算而得。按照稅法規(guī)定，該企業(yè)從2011年起企業(yè)所得稅實行“三免三減半”。當月利潤總額＝400×1.9－500×（1.68－1）＋（137.70－90）－6000÷20＝167.70（萬元）。
需要提醒企業(yè)注意的是，在會計核算上，應明確劃分征免稅項目收入、成本，規(guī)范財務核算。免稅項目對外銷售時，不得開具增值稅專用發(fā)票。
